На сегодняшний день лечебные учреждения ФГБУЗ ЮОМЦ ФМБА России расположены на территории 4 субъектов Российской Федерации: Ростовская область, Краснодарский край, Астраханская область, Республика Дагестан. В составе Центра успешно функционируют 7 филиалов, в которых работают более 500 врачей (6 докторов и 44 кандидата медицинских наук), 2 из них удостоены звания «Заслуженный врач России», 7- "Заслуженный врач Республики Дагестан", 14 - являются "Отличниками здравоохранения".